Construction of a Rice Glycosyltransferase Phylogenomic Database and Identification of Rice-Diverged Glycosyltransferases

Abstract

Glycosyltransferases (GT；EC 2.4 .x.y ) 组成从激活的施主分子通过糖的转移形成 glycosidic 契约到领受人分子的酶的一个大组。GT 对植物房间墙的生合成批评，在另外的多样的功能之中。基于数据库和顺序类似寻找的糖类活跃的酶(CAZy ) ，我们识别了 609 潜在的 GT 基因(loci ) 相应于在米饭(Oryza sativa ) 的 769 个抄本(基因模型) ，参考单子叶植物的种类。用领域作文和顺序类似，这些米饭 GT 加一个另外的未知的班被分类进 40 个 CAZy 家庭。我们发现那未知功能， PF04577 和 PF04646 的二 Pfam 域，分别地与 GT 家庭 GT61 和 GT31 被联系。便于这个重要、大的基因家庭的功能的分析，我们创造了一个 phylogenomic 米饭 GT 数据库(http://ricephylogenomics.ucdavis.edu/cellwalls/gt/) 。通过数据库，包括变异的线和基因表达式数据，功能的 genomic 数据的几个类能在一棵种系发生的树的上下文为每米饭 GT 被显示，允许在以内并且在 GT 家庭之间的比较分析。公共基因表示数据的全面数字表示分析表明大多数(80%) 米饭 GT 被表示。与 Inparanoid 基于分析，我们识别了在定序的 dicots (Arabidopsis thaliana， Populus tricocarpa， Medicago truncatula，和 Ricinus communis ) 缺乏 orthologs 的 282 分叉大米的 GT。联合这些分析，我们识别了高度在未葬的、植物的纸巾被表示的 33 分叉大米的 GT 基因(45 个基因模型) 。从文学和这分析， 21 这些 loci 是为向理解并且操作草房间墙质量的功能的检查的优秀目标。剩余物的学习可以揭示为米饭生物学是批评的荷尔蒙和蛋白质新陈代谢的方面。33 基因和米饭 GT 数据库的这张表将在米饭和另外的植物便于 GT 和房间墙合成的学习。