Rapid analysis of genetic variation in Atlantic salmon (<i>Salmo salar</i>) by PCR multiplexing of dinucleotide and tetranucleotide microsatellites

Abstract

Nous avons isole, chez le saumon atlantique (Salmo salar), quatre microsatellites dont trois loci tetranucleotidiques. Cette classe de microsatellites se caracterise notamment par un minimum de bandes fantomes lorsqu'on pratique une amplification en chaine par polymerase et un fractionnement en fonction de la longueur par electrophorese denaturante sur gel de polyacrylamide. Les quatre loci peuvent etre co-amplifies (multiplexes) au cours d'une meme reaction et presentent des repartitions alleliques selon la longueur qui ne se superposent pas. La longueur des alleles sur les loci tetranucleotidiques a ete determinee par comparaison a des sequences alleliques de reference, echelonnees en fonction de leur longueur (une combinaison de produits d'amplification provenant de plusieurs sujets); cette demarche a ameliore la precision du typage des alleles situes sur ces loci et facilite son obtention. Afin d'estimer l'utilite de ce systeme en vue de l'evaluation rapide du degre de differentiation entre populations, nous avons determine la variation genetique de populations de saumon atlantique provenant de trois rivieres de la Nouvelle-Ecosse (Canada). Nous avons observe des differences significatives, en termes des frequences alleliques, entre toutes les populations recensees. Les degres d'heterozygotie mesures au niveau des loci tetranucleotidiques (>87%) sont parmi les plus eleves jamais signales pour un locus donne chez les salmonides. La probabilite composee de l'attribution correcte des alleles situes sur ces quatre loci est d'environ 3,4 x 10 -5 . Compte tenu de la precision du classement des alleles et de la somme des renseignements combines obtenue, on peut dire que ce systeme de microsatellites multiplexes se prete de facon ideale a l'identification de l'ascendance et qu'il se prete egalement a l'evaluation des differences entre des populations de saumon atlantique.