Characterization of depth-related microbial communities in lake sediment by denaturing gradient gel electrophoresis of amplified 16S rRNA fragments

Abstract

不同深度沉积样品的微生物引起的社区的描述被一个文化无关的方法并且与物理化学的参数相比检验，那些是有机物(OM ) ，总氮(TN ) ，全部的磷(TP ) ， pH 和氧化还原电位(啊) 。全部的 genomic 脱氧核糖核酸从从不同深度导出的样品被提取。在他们与部分细菌的 16S rRNA 基因的 GC-341f/907r 教材集合被放大以后，产品被使中毒分开坡度胶化电气泳动(DGGE ) 。不同深度沉积样品的 DGGE 指纹的侧面表明然而，社区结构沿着全部 45 厘米沉积核心仍然保持相对稳定 DGGE 模式的主要部件的分析表明在更大的沉积深度，在社区结构的接连著的移动是明显的。原则坐标分析建议沿着沉积核心的细菌的社区能被分开成二个组，它被定位 0 20 厘米和 21 45 厘米分别地。定序主导的乐队证明 DGGE 识别的主要的种系发生的组属于杆菌，细菌， Brevibacillus， Exiguobacterium，γ - Proteobacterium， Acinetobacter sp。并且一些未耕作或未辩别出的细菌。结果在湖沉积核心显示了高度多样的细菌的社区的存在。