Prediction of sorghum miRNAs and their targets with computational methods

Abstract

microRNAs 是 21-nt 的一个班在 post-transcriptional 起关键作用的长、非编码、最新识别的 RNA 基因规定。他们的目标涉及各种各样的生物过程，包括开发，新陈代谢，和压力反应。尽管很多 miRNAs 在许多种类被报导了，在蜀黍的 miRNAs 的报告是有限的。基于 genomic 调查顺序(GSS ) 和 microRNA (miRNA ) 使用相同搜索第二等的结构， 17 新 miRNAs 的一个总数在这个工作被识别。他们被发现在 11 个 miRNA 家庭之中不均匀的分布式。一些 miRNA 基因在多重地点并且在超过一 genomic 上下文被发现。大多数 miRNAs 在一样的王国以内被保存，但是我们在蜀黍发现 sbi-miR127 和 sbi-miR466 与 H 显示出保存。现代人并且 M。musculus 分别地。经由联机软件 miRU 的那些 17 新 miRNAs 的分析证明他们可能调整 64 目标基因，其大多数涉及 RNA 处理，新陈代谢，房间周期，蛋白质降级，压力反应和交通。11 个 miRNA 家庭中的至少 7 个指向在新陈代谢和压力反应是必要的蛋白质，包括 NADPH 细胞色素 P450 reductase， nucleoside diphosphate kinase 和 superoxide dismutase，建议 miRNAs 起在生物过程的一个必要作用。