Microsatellite-enriched libraries : applied methodology for the development of SSR markers in tropical crops

Abstract

Introduction. Les productions tropicales, primordiales pour les pays en voie de developpement, peuvent cependant etre considerees comme le parent pauvre des marqueurs moleculaires. L'utilisation de microsatellites a de nombreux avantages par rapport a d'autres techniques moleculaires comme les analyses d'isozymes, de RFLP ou de RADP. Notre objectif a donc ete de developper une methode permettant de constituer des banques enrichies en microsatellites en utilisant, comme materiel de depart, du DNA de plantes tropicales. Une construction simple et rapide de banque enrichie en sequences microsatellites (GA)n du palmier a huile est decrite ici. Procedure de construction de banques enrichies en microsatellites. L'hybridation avec une sonde microsatellite biotinylee puis la capture des sequences ciblees grâce a des particules magnetiques recouvertes de streptavidine sont les deux principes de la technique utilisee. Les differentes etapes de la methode sont discutees et un protocole optimise est propose. Caracterisation des banques enrichies. Les banques de plusieurs milliers de clones ont une proportion de clones positifs, contenant un microsatellite, superieure a 70 %. Le taux de redondance des clones positifs depend du mode de preparation de l'ADN, avec, respectivement, 20 % et 60 % pour des fragments obtenus par restriction par PstI ou par sonication. Conclusion. L'etude presentee donne une technique pour developper facilement des banques de marqueurs satellites specifiques des productions tropicales en attendant que la communaute internationale entreprenne des projets moleculaires appliques a l'amelioration genetique de ces cultures traditionnellement oubliees. (Resume d'auteur)