Temporal stability of mtDNA haplotype frequencies in American shad stocks: to pool or not to pool across years?

Abstract

Des specimens d'alose savoureuse (Alosa sapidissima) ont ete preleves en 1992 et en 1993 a 19 emplacements le long de la cote nord-americaine de l'Atlantique. Les auteurs ont procede sur eux a la mesure de la variation de l'ADNmt (N = 1888). Les tests du x 2 ont permis de creer deux paires de populations qu'il serait possible de diviser en 17 stocks. L'echantillonnage au fil des ans a de memes emplacements geographiques a cause l'augmentation du nombre d'haplotypes observes ainsi que du nombre d'ensembles a un element (haplotypes observes chez un seul sujet), mais la proportion de ces derniers est restee constante, peu importe la taille des echantillons. Les tests du x 2 et les analyses de variance moleculaire, ainsi que des considerations liees a la taille des echantillons, ont indique que l'effet global du sous-echantillonnage etale dans le temps est negligeable et que les auteurs sont justifies de regrouper des echantillons annuels successifs qui proviennent d'un meme emplacement Lors de l'analyse du succes de l'attribution de sujets a des stocks, les auteurs ont obtenu plus de renseignements en echantillonnant un plus grand nombre de poissons et en utilisant moins d'enzymes de restriction (les six ou neuf meilleurs) qu'en echantillonnant moins de poissons, mais en utilisant un plus grand nombre d'enzymes. Le succes de l'attribution des sujets etait superieur lorsque les auteurs travaillaient avec 17 stocks (regroupement des sous-echantillons etales dans le temps) a ce qu'il etait avec 29 echantillons (sous-echantillons tenus separes); cela parait indiquer qu'une strategie de regroupement des echantillons avant leur attribution a un groupe permet d'optimiser l'analyse de stocks mixtes. Les observations issues de cette etude et d'autres portant sur l'alose savoureuse mettent l'accent sur l'importance d'obtenir des echantillons assez gros pour permettre de faire la distinction entre les formes de polymorphismede faible frequence, qui sont instructives, et les haplotypes uniques, qui ne le sont pas.